Докторські програми в CEU – це повністю фінансовані навчальні програми зі стандартною тривалістю 4 роки, які присуджують дипломи США та Австрії. Програма PhD не має окремих напрямів соціології та антропології — обидві дисципліни інтегровані. Студентів заохочують до проведення емпіричних досліджень з використанням широкого спектру методологій, однак пріоритетними є теоретично обґрунтовані підходи, які охоплюють широкий інтелектуальний порядок денний.